Pravilnikom o organizaciji i sistematizaciji radnih mjesta utvrđeni su organizacijski oblici sa sadržajem rada, načinom i koordinacijom rada.
Agencija zapošljava visokoobrazovane djelatnike sa značajnim iskustvom stečenim radom u privatnom i javnom sektoru na području energetike, geologije, naftnog rudarstva, rudarstva, kemijskog inženjerstva, financija i prava u Hrvatskoj i inozemstvu.
Poslove Agencije vodi Uprava kojoj je na čelu Marijan Krpan, predsjednik Uprave.
Agencijom upravlja Upravno vijeće koje čini predsjednik i pet članova.
Upravno vijeće Agencije za ugljikovodike:
Predsjednik upravnog vijeća:
IVO MILATIĆ – predstavnik ministarstva nadležnog za energetiku
Članovi upravnog vijeća:
ZDRAVKO ZRINUŠIĆ – predstavnik ministarstva nadležnog za financije
ANAMARIJA MATAK – predstavnica ministarstva nadležnog za zaštitu okoliša
Dr.sc. KRISTINA ČELIĆ – predstavnica ministarstva nadležnog za energetiku
MILE HORVAT – predstavnik ministarstva nadležnog za gospodarstvo
DUNJA MAGAŠ – predstavnica ministarstva nadležnog za prostorno uređenje
